استفاده از فاضلابها وپساب;های شهری در کشاورزی و باغداری یکی از مسائل عمده ای است که به لحاظ زیست محیطی در بیشتر نقاط کشورو بخصوص در اطراف شهرهای بزرگ مانند تهران و اصفهان و مشهد با آن روبرو هستیم. این موضوع از آن جهت اهمیت دارد که فاضلاب در این مناطق بدون لحاظ کردن تمهیدات لازم برای محصولاتی که بلافاصله پس از آبیاری به بازار منتقل شده و به صورت خام مورد استفاده دارد. وزارت نیرو پساب های خارج شده از تصفیه خانه های فاضلاب را به عنوان یک منبع آبی در نظر گرفته و استفاده از آن را تحت شرایط خاص برای مواردی مانند تغذیه آبهای زیر زمینی و تعادل بخشیدن به بیلان آبی دشت هایی که در وضعیت بحرانی قرار دارند مجاز دانسته است. البته در این صورت لازم است که پساب خروجی از تصفیه خانه ها دارای استاندارد لازم بوده و حداقل تصفیه ثانویه و گندزدایی در مورد آنها صورت گرفته باشد. در این شرایط می توان انتظار داشت که پساب در طی نفوذ در خاک تا رسیدن به سفره آبهای زیر زمینی پالایش شده و برخی عناصر زیان آور آن جذب لایه های خاک شده و تا حد زیادی نیز تصفیه شود.
تمام این شرایط برای حالتی است که پساب از نوع فاضلاب های شهری باشد که مهمترین مشکل آن وجود میکروارگانیسم های بیماری زا و مواد آلی است و اگر فاضلاب از نوع پساب های صنعتی باشد به دلیل مواد شیمیایی مختلف و از جمله فلزات سنگین، استفاده مجدد از آن درکشاورزی توصیه نمی شود. متاسفانه برخی تصفیه ها علاوه بر فاضلاب شهری پساب های صنعتی را نیز بخود جای می دهند که اگر از آنها برای کشاورزی استفاده شود عناصر مضر می تواند به خاک و گیاه و در نهایت انسان منتقل شود که علاوه بر پیامدهای بهداشتی به لحاظ آلودگی خاک و محیط نیز زیان آور بوده و ممکن است جبران آن غیر ممکن یا بسیار مشکل باشد. از آنجا که در برخی مناطق، منابع آبی برخی از چاههای متعلق به کشاورزان با پساب جایگزین شده است این موضوع باید به دقت توسط مسئولان محیط زیست، کشاورزی و وزارت نیرو قرار گیرد.
در مناطق خشک و نیمه خشک مانند شرایطی که ما در خراسان با آن مواجه هستیم به دلیل کمبود بارش و عدم شستشوی خاک استفاده از فاضلاب بسیار حساس بوده و توصیه می شود حتی المقدور از آن برای کشاورزی و بخصوص برای محصولات خوراکی و دامی و از همه مهمتر برای زراعت هاییکه محصولات آنها برگی بوده و به صورت خام مصرف می شود، خودداری شود. البته نمی توان این نکته را نیز از نظر دور داشت که از این منبع آبی باید به صورت بهینه استفاده کرده و در مواردی مانند آبیاری درختان غیر مثمر، آبیاری مراتع، جنگلکاری ها و تغذیه آبهای زیرزمینی با در نظر گرفتن پیامدهای زیست محیطی آن که در هر منطقه لازم است به صورت موردی بررسی شود می توان از آن استفاده کرد.